有些见的现象，就是胎儿的先天性畸形。较轻微者包括内眦赘皮、两眼距离过宽、眼睑下垂、眉毛上竖、鼻梁短塌、人中长、咀宽唇厚、两耳较低、蹼状颈、毛发过多和指尖发育不全﹝distal digital hypoplasia﹞ 等。较严重者会有智能不足、发育迟缓或头小畸形等现象。这些由于抗癫痫药物而造成的影响，统称“胎儿抗癫痫药物症候群”。幸好，“胎儿抗癫痫药物症候群”本来就不常见，近年来医药进步，发生率更低，所以不用过度担忧。
另外，抗癫痫药物可以由母体进入胎儿的循环系统，对胎儿有一定性的影响。譬如，母体的抗癫痫药物经由循环系统，可以刺激胎儿的肝功能，使其早熟，所以女性癫痫患者的新生儿较少出现生理性黄疸。母亲在服用 Diazepam, Primidome 或Phenobarbital 时，胎儿的心跳可能较慢。
抗癫痫药物亦可以进入母乳，新生儿可能会因母乳中抗癫痫药物的镇定作用而有反应迟缓、肌肉张力较差和因吸吮力量较弱而出现哺乳困难的现象。相反地，若舍母乳而喂哺牛奶，新生儿可能因抗癫痫药物的突然戒断，而会有异常过动的情形。
